- Rektor IAI Al-Mawaddah Warrahmah Kolaka: DR. KH. M. Zakariah, MA
- Wakil Rektor I Bidang Akademik dan Pengembangan Kelembagaan serta SDM: Asst. Prof. Dr. M. Askari Zakariah, S. Pt, M. Sc
- Wakil Rektor II Bidang Keuangan dan Administrasi: Asst. Prof. Dr. Hartono, S. Ag, MA
- Wakil Rektor III Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama: Asst. Prof. Abd. Haris Nasution Zakariah, S. Th. I, M. Si.
- Direktur Program Pascasarjana: Asst. Prof. Dr. M. Iqbal, S. Pd. I, M. Pd
- Dekan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan: Dr (c). Nurhayati, S. Pd, M. Pd
- Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam: Masri, S. E. I, M. A
- Dekan Fakultas Syariah, Ushuluddin, Adab dan Dakwah : Dr. Muh. Asra, S. Hum, MA.
- Dekan Fakultas Ilmu Kesehatan: dr. Failal Ulfi Mauliah.
- Dekan Fakultas Sains dan Teknologi: Sulman, S. Pd, M. Pd
- Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat: Akmir, S. Pd, M. Pd
- Kepala Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengawas Internal: Nur Thahira Umajjah, S. Pd, M. Pd
- Kepala Biro Akademik dan Kemahasiswaan: Sitti Nurfaidah, S. Pd, M. Pd
- Kepala Biro Administasi Umum dan keuangan: Nurhayaty, S. H, M. H